Нынешний Богосудов возник в результате слияния нескольких поселений: Крупка, Врхослав, Богосудов, Нове Модланы, Унчин, а также Маршов, Собьехлебы, Горни Крупка, Фойтовице. Первые письменные упоминания относятся к 1305 г. как о месте добычи олова, а как селение Крупка упоминается в 1330 г.

В 1426 году там, где ныне находится Богосудов, гуситы побили войско крестоносцев, уничтожив их три сотни. Потомки павших крестоносцев на этом месте построили часовню, вокруг которой в 1500 году образовалось поселение – нынешний Богосудов. Приблизительно в те же времена гуситы сожгли монастырь Гроба Господня, выжившие монахини скрылись в лесах около Крупки. По преданию одна из них спрятала фигурку Девы Марии в дупло липы на месте, где сейчас находится богосудовская базилика. Через некоторое время сюда пришла девушка, чтобы нарвать травы, во время работы руку её обвила змея. Девушка очень испугалась, но Дева Мария спасла её. К этой фигурке с 1610 г. начали приходить паломники.

Гуситы были в этих местах еще дважды, в 1429 и 1433 годах. 13 января 1478 г. король Владислав II Ягеллонский дал городу право на герб, печать красным воском и таможенную свободу.

В годы тридцатилетней войны Крупка была разрушена и сожжена отступающими саксонскими войсками (1631 г.). Чешское название Богосудов появилось впервые в 1848 г. В 1679 г. в Богосудове появилась первая иезуитская гимназия, которая работала до роспуска Ордена иезуитов в 1773 г. В 1680 г. в Крупке разразилась эпидемия чумы, завезенной из Праги. Умерла треть населения (327 чел).

В 1701 – 1706 гг. на месте прежнего костела в центре Богосудова был построен храм Девы Марии Скорбящей, окруженный амбитом с семью часовнями, с новой резиденцией и зданием школы. Новое здание школы было построено на рубеже 19 и 20 веков. В начале 19 века в районе Крупки появились первые угольные шахты. Крупка стала также любимым местом туристов, которые приезжали сюда любоваться красотами богосудовской базилики и средневековых улочек Крупки.

Во время своего пребывания на курорте в Теплицах в Крупку в 1810 и 27 мая 1813 г. приезжал поэт Йоган Вольфганг фон Гёте. Он даже нарисовал Крупку и в своей статье "Из Теплиц" написал, что причиной обрушения башни града в 1807 г. явилось то, что она в течение длительного времени использовалась как источник камня. В память о пребывании Гёте вблизи южной круглой башни града был установлен памятник. В 1812 г. Крупку посетила императрица Мария Луиза. Был здесь и известный естествоиспытатель Александр фон Гумбольдт. Сюда же несколько раз приезжал композитор Рихард Вагнер, а в 1872 г. писатель Ян Неруда. В 1812 г. в Горной Крупке родился основатель современной окулистики Фердинанд Артл, умерший в Вене в 1887 г.

Покой в Крупке нарушили военные события 1813 г. В августе недалеко отсюда союзники разбили корпус французского генерала Д. Вандамма, пытавшегося пробиться на территорию Чехии. Богосудов заполнили войска союзников. Об этой битве напоминают несколько памятников, находящихся в окрестностях, в частности один, расположенный на территории Крупки недалеко от Собьехлеб. Это русский памятник, открытый в 1835 г. в присутствии правителей России, Австрии и Пруссии.

В 1853 г. в Богосудове была возобновлена деятельность Ордена Иезуитов и тем самым работа гимназии в Богосудове. С 1869 г. в Богосудове работал самый старый в Чехии цементный завод (закрыт в 1930 г.). Шахты в Крупке были закрыты в 1922 г. В начале 20 века Крупка была преимущественно немецким городом. Население с радостью приветствовало начало первой мировой войны, и спустя четыре года с большим неудовольствием восприняло образование независимого чехословацкого государства. Конец волнениям положил вход в город войск чехословацкой армии. Приход в Германии нацистов к власти обострил ситуацию. В 1934 г. генлейновцы провели демонстрацию против открытия в Богосудове чешской школы, несмотря на то, что в Крупке и Богосудове в то время проживало около 1000 чехов. 9 октября 1938 г. в Крупку вошли войска вермахта. Жители встречали их с восторгом. В годы оккупации большинство населения оставалось лояльным к нацистскому режиму, но было и сопротивление со стороны немецких антифашистов, наиболее известной из которых была Герта Линднерова, казненная нацистами 9.3.1943 г. После окончания второй мировой войны немецкое население было выселено в Германию.

В 1947 году в помещения бывшей епископской гимназии после того, как их освободил Богосудовский военный лазарет, переехала Архиепископская гимназия из Праги. Здесь она находилась до 13.04.1950 г. После распоряжения о выселении гимназия за одну ночь была ликвидирована. Исчезли богатые коллекции бабочек, нумизматическая коллекция, коллекция камней и лаборатории, чешская и немецкая, а также монастырская библиотеки. Гимназия превратилась в лагерь для монахов. В 1952 г. ареал резиденции и гимназии был занят чешской армией, а в 1968 г. сюда пришла советская армия и осталась здесь до 1991 г.

В 1991 г. в Богосудов вернулись иезуиты. Здания, стоившие когда-то более 90 миллионов крон, после ухода советской армии стоили семь с половиной миллионов крон. Начались восстановительные работы. 1 сентября 1993 г. сюда вернулась Епископская гимназия. С апреля 2010 г. город имеет свой флаг.

Недалеко от города находится самая старая в Крушных горах (построена в 1875 г.) башня обозрения – Комаржи вижка (Комариная башня). С ней связана легенда о грабителе, который жил в близлежащих лесах и обкрадывал население долины. Однажды он украл у бедной женщины ее единственную корову. Та в поисках коровы встретила колдунью, которая пожалела женщину и наслала на грабителя облако комаров, которые искусали его до смерти. Корова же спустя некоторое время вернулась к убогой женщине. Так зло было наказано, а закон восторжествовал.

Подняться на Комаржи вижку можно пешком, на автомобиле или на самом старом в ЧР подъемнике, действующем круглый год. Подъем по построенной в 1952 г. канатной дороге, длиной 2348 м. на высоту 482 м. (от начала подъемника) займет приблизительно 17 минут.